L’articulation entre arrêt maladie et congés payés est probablement le sujet de droit du travail qui a le plus évolué ces dernières années en France. Pendant des décennies, la règle était simple et défavorable aux salariés : un arrêt maladie ordinaire suspendait l’acquisition des congés payés et les jours de vacances perdus pour cause de maladie étaient définitivement perdus. La Cour de justice de l’Union européenne a bouleversé cet équilibre en imposant aux États membres de garantir l’acquisition de congés pendant la maladie et le report des congés non pris pour raison de santé. La France a dû s’aligner sur ces exigences, et les règles applicables en 2026 sont désormais nettement plus protectrices pour les salariés. Ce guide détaille l’ensemble des droits qui découlent de cette nouvelle articulation.

L’acquisition des congés payés pendant un arrêt maladie ordinaire

La grande révolution juridique de ces dernières années concerne l’acquisition des congés payés pendant les arrêts maladie d’origine non professionnelle. Historiquement, le droit français prévoyait que seules les absences assimilées à du travail effectif ouvraient droit à l’acquisition de congés. L’arrêt maladie ordinaire n’en faisait pas partie, ce qui signifiait qu’un salarié absent plusieurs mois pour maladie perdait autant de jours de congés que de mois d’absence.

La Cour de justice de l’Union européenne a jugé cette règle contraire à la directive européenne 2003/88 qui garantit un minimum de quatre semaines de congés payés par an à tout travailleur. Selon la Cour, un salarié ne peut pas être privé de son droit aux congés du seul fait qu’il est malade, parce que les congés et la maladie répondent à des finalités différentes : les congés visent le repos et le loisir, la maladie est une période de soins et de rétablissement.

La Cour de cassation française a fini par s’aligner sur cette jurisprudence européenne et la loi a été modifiée en conséquence. Depuis 2024, un salarié en arrêt maladie ordinaire continue d’acquérir des congés payés dans la limite de deux jours ouvrables par mois d’absence et de vingt-quatre jours ouvrables par an. Ce plafond est inférieur aux 2,5 jours ouvrables par mois acquis pendant le travail effectif, mais il garantit au salarié malade l’essentiel de ses droits à congés.

Cette évolution a un impact financier concret et significatif. Un salarié absent six mois pour maladie acquiert désormais douze jours ouvrables de congés pendant cette période, alors qu’il n’en acquérait aucun sous l’ancien régime. Sur un salaire de 2 500 euros brut mensuel, ces douze jours représentent environ 1 250 euros d’indemnité compensatrice de congés payés en cas de fin de contrat, une somme qui était purement et simplement perdue avant la réforme.

L’acquisition des congés pendant un arrêt pour accident du travail ou maladie professionnelle

Pour les arrêts liés à un accident du travail ou à une maladie professionnelle, les règles sont encore plus favorables. Ces absences sont assimilées à du travail effectif pour l’acquisition des congés payés, dans la limite d’un an d’absence ininterrompue. Le salarié acquiert donc ses 2,5 jours ouvrables par mois normalement, au même rythme que s’il travaillait, pendant les douze premiers mois d’arrêt.

Au-delà d’un an d’arrêt pour accident du travail ou maladie professionnelle, les règles rejoignent celles de l’arrêt maladie ordinaire avec le plafond de deux jours ouvrables par mois et vingt-quatre jours par an. Cette limitation au-delà d’un an est cohérente avec le principe général qui veut que les absences très longues ne génèrent pas indéfiniment les mêmes droits que le travail effectif.

La distinction entre origine professionnelle et origine non professionnelle a donc un impact direct sur le volume de congés acquis pendant l’arrêt. Un salarié absent six mois pour accident du travail acquiert quinze jours ouvrables de congés pendant cette période, contre douze jours pour un arrêt maladie ordinaire. Sur un arrêt de douze mois, l’écart est encore plus significatif : trente jours pour un accident du travail contre vingt-quatre jours pour une maladie ordinaire.

Le report des congés non pris avant l’arrêt maladie

Lorsqu’un salarié tombe malade avant ses congés planifiés, les congés non pris sont reportés automatiquement à une date ultérieure. L’employeur ne peut pas considérer que les congés ont été pris pendant l’arrêt maladie, parce que les deux dispositifs répondent à des finalités différentes et ne sont pas interchangeables. Le salarié qui devait partir en vacances le lundi et qui est placé en arrêt maladie le vendredi précédent bénéficie de ses indemnités journalières de maladie et conserve intégralement ses jours de congés.

Ce report s’applique quelle que soit la durée de l’arrêt maladie. Si l’arrêt couvre l’intégralité de la période de congés initialement prévue, le salarié conserve tous ses jours et peut les poser ultérieurement, en accord avec l’employeur. Si l’arrêt ne couvre qu’une partie de la période prévue, les jours correspondant à l’arrêt sont reportés et les jours de congés restants sont maintenus si le salarié reprend le travail à temps.

Le report n’est cependant pas illimité dans le temps. La jurisprudence européenne a admis qu’un délai raisonnable puisse être imposé pour la prise des congés reportés. Un délai de quinze mois après la fin de la période de référence est généralement considéré comme raisonnable. Au-delà, l’employeur peut considérer que les congés sont perdus, à condition d’avoir préalablement informé le salarié de ce délai et de l’avoir mis en mesure de prendre ses congés.

La maladie survenant pendant les congés payés

La situation du salarié qui tombe malade pendant ses congés payés a longtemps été défavorable en droit français. Traditionnellement, les jours de maladie intervenus pendant les congés étaient perdus et le salarié ne pouvait ni les reporter ni demander une indemnisation distincte. Cette règle a été profondément remise en cause par la jurisprudence européenne.

La Cour de justice de l’Union européenne a jugé que le salarié qui tombe malade pendant ses congés payés doit pouvoir bénéficier du report des jours de congés correspondant à la période de maladie. Le raisonnement est logique : le salarié malade pendant ses vacances ne bénéficie pas du repos effectif que les congés sont censés lui procurer. Il est en situation de soins et de rétablissement, pas de loisir et de détente. Les deux finalités étant distinctes, les deux droits doivent pouvoir s’exercer séparément.

La Cour de cassation française a progressivement intégré cette jurisprudence dans le droit national. Le salarié qui tombe malade pendant ses congés peut désormais, sous certaines conditions, demander le report des jours correspondants à la période de maladie. Pour exercer ce droit, le salarié doit fournir un certificat médical attestant de sa maladie pendant la période de congés et en informer son employeur dans les meilleurs délais.

En pratique, cette articulation reste complexe et les litiges sont fréquents. L’employeur peut contester la réalité de la maladie ou la nécessité du report. Le salarié doit pouvoir prouver qu’il était effectivement malade pendant ses congés, ce qui suppose d’avoir consulté un médecin sur place et d’avoir obtenu un arrêt de travail en bonne et due forme. Les arrêts maladie délivrés à l’étranger pendant les vacances sont recevables à condition d’être traduits et de respecter les formes requises par la législation française.

Le sort des congés payés à la fin de l’arrêt maladie

Lorsque le salarié reprend le travail après un arrêt maladie de longue durée, la question du sort des congés payés acquis pendant l’arrêt et des congés reportés se pose immédiatement. Le salarié dispose d’un stock de jours de congés qui peut être significatif, surtout après un arrêt de plusieurs mois.

L’employeur doit informer le salarié du nombre de jours de congés dont il dispose et du délai dans lequel il doit les prendre. Cette information est obligatoire et son absence empêche l’employeur d’invoquer la perte des congés non pris. En pratique, le salarié et l’employeur conviennent ensemble d’un calendrier de prise des congés qui tient compte des contraintes de l’activité et des besoins de repos du salarié après sa convalescence.

Le salarié qui reprend le travail après un arrêt long peut légitimement souhaiter accoler ses congés reportés à la reprise, ce qui prolonge son absence mais lui permet de récupérer physiquement avant de reprendre pleinement son activité. L’employeur peut discuter du calendrier mais ne peut pas refuser purement et simplement la prise des congés reportés si le délai de report n’est pas dépassé.

Si l’arrêt maladie aboutit à un licenciement pour inaptitude ou à une fin de contrat pour tout autre motif, les congés acquis pendant l’arrêt et les congés reportés non pris donnent lieu au versement d’une indemnité compensatrice de congés payés. Cette indemnité doit figurer sur le solde de tout compte et son montant peut être significatif après un arrêt de plusieurs mois.

Le cumul arrêt maladie et indemnité de congés payés

Le salarié ne peut pas cumuler les indemnités journalières de maladie avec l’indemnité de congés payés pour les mêmes jours. Les deux régimes sont exclusifs l’un de l’autre : soit le salarié est en arrêt maladie et perçoit les indemnités journalières, soit il est en congés payés et perçoit l’indemnité de congés. Ce principe de non-cumul est logique puisque les deux situations correspondent à des régimes juridiques et des finalités différentes.

En revanche, le salarié peut enchaîner les deux périodes. Il peut par exemple être en arrêt maladie pendant trois mois, reprendre le travail une semaine, puis partir en congés payés pour solder ses jours acquis et reportés. Ou il peut accoler directement ses congés payés à la fin de son arrêt maladie si l’employeur l’accepte. Dans ce cas, les indemnités journalières cessent au dernier jour de l’arrêt et l’indemnité de congés payés prend le relais le lendemain.

La question du maintien de salaire par l’employeur pendant l’arrêt maladie peut également interférer avec les congés payés. Si la convention collective prévoit un maintien à 100 pour cent du salaire pendant l’arrêt, le salarié ne perd rien financièrement. Mais si le maintien est partiel ou si la durée du maintien est dépassée, le salarié peut se retrouver avec une rémunération inférieure à son salaire normal. Dans ce cas, les jours de congés payés acquis et non pris constituent une réserve financière précieuse qui peut être mobilisée en fin de contrat sous forme d’indemnité compensatrice.

Les congés payés pendant le congé maternité lié à un arrêt pathologique

Le congé maternité et le congé pathologique prénatal qui lui est associé sont intégralement assimilés à du travail effectif pour l’acquisition des congés payés. La salariée en congé maternité acquiert ses 2,5 jours ouvrables par mois normalement, sans plafond. Le congé pathologique prénatal de deux semaines maximum est traité de la même façon.

En revanche, le congé pathologique postnatal est traité comme un arrêt maladie ordinaire et obéit aux nouvelles règles d’acquisition plafonnée à deux jours ouvrables par mois. Cette distinction entre pathologie prénatale et postnatale est une subtilité technique qui peut avoir un impact sur le nombre total de jours de congés acquis par la salariée pendant sa période d’absence liée à la maternité.

Pour les salariées qui enchaînent un arrêt maladie avant le congé maternité, un congé maternité, un congé pathologique postnatal puis éventuellement un congé parental, le calcul des droits à congés payés peut devenir très complexe parce que chaque période obéit à des règles d’acquisition différentes. Il est recommandé de vérifier précisément le décompte réalisé par le service de paie à chaque étape et de conserver un suivi personnel des jours acquis.

La rétroactivité des droits acquis

L’une des questions les plus sensibles de la réforme concerne la rétroactivité des droits à congés payés acquis pendant les arrêts maladie antérieurs à l’entrée en vigueur des nouvelles règles. La loi a prévu un dispositif de régularisation qui permet aux salariés de réclamer les congés payés qu’ils auraient dû acquérir pendant leurs arrêts maladie passés, dans la limite d’un délai de forclusion de deux ans.

Concrètement, un salarié qui a été en arrêt maladie pendant six mois en 2022 et qui n’a pas acquis de congés payés pendant cette période peut réclamer les douze jours ouvrables qui lui étaient dus sous le nouveau régime. Cette réclamation doit être adressée à l’employeur par courrier recommandé et peut, en cas de refus, être portée devant les prud’hommes.

En pratique, cette rétroactivité a concerné un grand nombre de salariés et a généré un volume significatif de réclamations. Les entreprises ont dû provisionner des sommes importantes pour couvrir ce rappel de droits, ce qui a parfois créé des tensions dans les relations sociales. Les syndicats et les avocats en droit du travail ont largement communiqué sur ce droit à régularisation, et de nombreux salariés ont pu récupérer des jours de congés ou des indemnités compensatrices qu’ils avaient perdus sous l’ancien régime.

L’impact sur le solde de tout compte

L’articulation entre arrêt maladie et congés payés a un impact direct sur le montant du solde de tout compte en cas de fin de contrat. Les congés acquis pendant l’arrêt maladie et les congés reportés non pris doivent obligatoirement figurer dans le calcul de l’indemnité compensatrice de congés payés versée à la fin du contrat.

Pour un salarié licencié après un arrêt maladie de douze mois avec un salaire de 3 000 euros brut, les vingt-quatre jours ouvrables acquis pendant l’arrêt représentent environ 3 000 euros d’indemnité compensatrice supplémentaire par rapport à l’ancien régime. Sur des arrêts plus longs ou des salaires plus élevés, les montants en jeu peuvent atteindre plusieurs milliers d’euros.

Vérifiez systématiquement que votre solde de tout compte intègre bien les congés acquis pendant vos éventuels arrêts maladie. L’erreur la plus fréquente consiste à calculer l’indemnité compensatrice uniquement sur la base des jours acquis pendant les périodes de travail effectif, en oubliant les jours acquis pendant l’arrêt. Cette erreur peut être rectifiée dans le délai de six mois suivant la signature du solde de tout compte, ou dans le délai de trois ans si le poste n’y figure pas.

Le cas particulier des arrêts maladie de longue durée

Les arrêts maladie de longue durée, supérieurs à six mois, posent des problèmes spécifiques en matière de congés payés. Le salarié accumule progressivement un stock important de jours de congés acquis et reportés qu’il ne peut pas prendre pendant son absence. Ce stock peut atteindre quarante à cinquante jours ou plus pour un arrêt de deux ans, si l’on cumule les congés acquis pendant l’arrêt et les congés acquis avant l’arrêt qui n’ont pas pu être pris.

La gestion de ce stock est un enjeu pour le salarié comme pour l’employeur. Le salarié doit être informé régulièrement de l’état de ses droits pour pouvoir anticiper la prise de ses congés à son retour. L’employeur doit provisionner les sommes correspondantes dans ses comptes, ce qui peut représenter un coût significatif pour les entreprises qui emploient des salariés en arrêt longue durée.

En cas de licenciement pour inaptitude à l’issue d’un arrêt de longue durée, l’indemnité compensatrice de congés payés peut représenter un montant substantiel qui s’ajoute à l’indemnité de licenciement et aux autres indemnités de fin de contrat. Pour un salarié avec deux ans d’arrêt et un salaire de 2 800 euros, l’indemnité compensatrice pour les congés acquis pendant l’arrêt peut atteindre environ 5 600 euros, un montant non négligeable dans le calcul global des indemnités de rupture.

Les obligations de l’employeur en matière d’information

L’employeur a une obligation d’information renforcée envers le salarié en matière de congés payés, y compris pendant l’arrêt maladie. Il doit informer le salarié dans un délai d’un mois après la reprise du travail du nombre de jours de congés dont il dispose et de la date limite pour les prendre. Cette obligation d’information est une condition de la forclusion : si l’employeur n’informe pas le salarié, celui-ci ne peut pas perdre ses congés non pris.

En pratique, cette information prend généralement la forme d’un courrier ou d’un email adressé au salarié à son retour d’arrêt maladie, récapitulant le solde de congés acquis pendant l’arrêt, les congés reportés, et le délai de prise applicable. Ce courrier est une pièce importante en cas de contentieux ultérieur et doit être conservé par le salarié.

L’employeur doit également mentionner les congés acquis pendant l’arrêt maladie sur les bulletins de paie du salarié à son retour. Le compteur de congés figurant sur le bulletin de paie doit refléter l’ensemble des droits du salarié, y compris ceux acquis pendant l’absence. Une discordance entre le compteur du bulletin de paie et les droits réels du salarié est une source fréquente de litiges qui peut être évitée par une gestion rigoureuse du suivi des congés.

Les recours en cas de non-respect des droits

Si vous constatez que vos congés payés n’ont pas été correctement calculés pendant votre arrêt maladie, ou que vos congés reportés n’ont pas été pris en compte à votre retour, plusieurs voies de recours s’offrent à vous. La première étape est toujours d’adresser une réclamation écrite à votre employeur par courrier recommandé, en précisant les droits que vous estimez non respectés, le calcul que vous jugez correct et les textes juridiques sur lesquels vous vous appuyez.

Si l’employeur refuse de régulariser, vous pouvez saisir l’inspection du travail qui peut intervenir pour rappeler les obligations légales. Vous pouvez également saisir le conseil de prud’hommes pour obtenir le paiement des indemnités compensatrices correspondant aux congés non accordés. Le délai de prescription pour les actions en paiement de salaire, qui inclut les indemnités de congés payés, est de trois ans.

En cas de fin de contrat, vérifiez que votre solde de tout compte intègre bien l’ensemble de vos droits à congés, y compris ceux acquis pendant l’arrêt maladie et ceux reportés. Si un poste manque sur le document, le délai de réclamation est de trois ans et non de six mois. Ne signez pas votre solde de tout compte sans avoir vérifié ce point, et ajoutez la mention « sous réserve de vérification » si vous avez un doute.

L’accompagnement par un avocat spécialisé en droit du travail ou par un représentant syndical est recommandé pour les situations complexes, notamment en cas d’arrêt maladie de longue durée suivi d’un licenciement pour inaptitude. Les montants en jeu peuvent atteindre plusieurs milliers d’euros et justifient largement le coût d’un conseil juridique professionnel.

Conclusion

L’articulation entre arrêt maladie et congés payés a profondément évolué ces dernières années, dans un sens nettement plus favorable aux salariés. L’acquisition de congés pendant la maladie, le report des congés non pris pour raison de santé et la possibilité de récupérer les jours de vacances gâchés par une maladie sont désormais des droits effectifs qui s’appliquent à tous les salariés en France. Ces évolutions représentent un rattrapage significatif par rapport au droit européen et peuvent avoir un impact financier concret de plusieurs milliers d’euros sur la durée d’une carrière. Pour en bénéficier pleinement, il faut connaître ces droits, vérifier régulièrement le décompte réalisé par l’employeur, et ne pas hésiter à réclamer les régularisations nécessaires si les calculs sont incorrects. Le droit du travail évolue, et les salariés qui se tiennent informés de ces évolutions sont ceux qui en tirent le meilleur parti.